農地が苦手なのね。奥が深い農地の世界の入り口。

登記の地目が「田」「畑」であれば農地と判断する。
登記地目が「田」「畑」でなかったとしても、固定資産評価のの現状地目が「田」「畑」であれば農地と判断する。

4条は転用のみ(所有者が自己使用のための転用)、5条は転用+権利移動
農地法第5条の許可・届出は、所有権移転後に取得者が転用行為を行うということを前提として「農地のまま」での所有権移転を認めるもの。

あとは、許可と届出の区別の判断があり、許可か届出かによって審査する機関も異なってきます。
また登記原因証明情報の記載も届出か許可かにより異なってきます。農地法の許可・届出は所有権移転の効力発生要件ですので登記原因証明情報に記載するべきでしょう。

わんわん先生の素晴らしい記事がありますので、リンク参照!
http://blog.goo.ne.jp/4696kotetu/e/f6188ecdd117521d052c9a49273ac5ae