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H28.3.28更新記事あります

申請用総合ソフトや権などで申請書に電子署名ができないエラーの対策。
「あれ?アクセスパスワードが違うかな?」と思ったのですがエラーメッセージが「パスワードが違います」ではなく「電子署名に失敗しました」と出るので、何かしらのシステムエラーの様子。

検索の結果、下記の更新プログラムが原因のようなので、更新プログラムを削除すれば正常に署名付与できました。

1.【対象のセキュリティ更新プログラム】
(Windows Vista,7)
KB3135996
KB3136000
(Windows 8.1)
KB3135994
KB3135998
(Windows 10)
KB3140745
KB3140768

公式からのアナウンス(引用)

平成28年3月9日(水)
【重要】申請用総合ソフトにおいて電子署名ができない事象の暫定的な解消方法について(平成28年3月9日)
 本日発生しました電子署名ができない事象につきましては,Windowsアップデートの特定の更新プログラムを適用することで発生することが判明しました。
 電子署名を行う必要がある場合には,こちらの方法により暫定的に当該更新プログラムをアンインストールすることで電子署名が可能となります。
 上記方法を行うに当たっては,セキュリティ上のリスクに十分御留意して実施願います。
 本件の恒久的な対応については,プログラム提供元と協議の上で別途お知らせする予定です。