ちょっと混乱しているので整理。
法務局が、「マイナンバーが記載された住民票が提出された場合は法務局はマスキングして処理しますよ」なんて見解を出しているのでややこしくなっていますが、結論としては司法書士はマイナンバー記載の住民票は受領できません。
下記の根拠を把握して受取拒否しなければいけません。
法務局がマスキング処理します、というのはあくまで本人申請でマイナンバー記載の住民票が提出された場合を想定しています。

行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律の第20条が根拠になります。

第二十条 
何人も、前条各号のいずれかに該当する場合を除き、特定個人情報(他人の個人番号を含むものに限る。)を収集し、又は保管してはならない。

個別の条文はご自身で確認してください。

なお、マイナンバー記載の住民票を受け取って、その場でマスキング・黒塗りしても不可です。
下記の通達のとおり、添付書面として使えません。
以前は、本籍をマスキングした住民票で登記が通ったり、通らなかったりで曖昧だったのですが今後は厳しいでしょう。

(参考通達)
行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律の施行に伴う通知カードの取扱い等について
(平成27年10月5日法務局民事行政部主席登記官・地方法務局主席登記官宛て民事局民事第二課補佐官事務連絡)
~略~
2 添付情報に個人番号が記載されている場合の取扱い

添付情報として個人番号が記載されている住民票の写し等が提供された場合は, 原則として, 調査時に個人番号部分をマスキングする。
なお, 個人番号がマスキングされた書類が提供された場合には, 当該書類の原本が提供されたとすることはできないことから, これを添付情報として取り扱うことはできないので留意されたい。